20. září roku 1519 vyplula ze španělského přístavu Sanlúcar de Barrameda (jeho význam spočíval v tom, že ho řeka Guadacalquivir spojovala se Sevillou) malá flotila pěti lodí s velmi podivnou posádkou. Těch pět lodí Trinidad, Conception, Victoria, San Antonio a Santiago byly malé plachetnice, největší z nich, Trinidad, měla výtlak 130 tun tedy podstatně méně, než Kolumbova Santa Maria. (240 tun). Už velikost lodí nasvědčovala tomu, že španělský král Karel, který tuto výpravu financoval, nevkládá to expedice příliš velké naděje a nehodlá do ní příliš mnoho investovat.
Zvláštní bylo už to, že posádkám lodí, složených z velké části ze Španělů a plujících pod španělskou vlajkou, velel Portugalec. Portugalci a Španělé byli v této době úhlavními nepřáteli v boji o objevování a obsazování nových zámořských kolonií. Aby se nepobili doopravdy, rozdělili papež Alexandr VI. Borgia smlouvou z Tordesillas zeměkouli (pokrokový papež si už tehdy taky myslel, že země je kulatá) na dvě části – jedna demarkační čára oddělila od Jižní Ameriky Brazílii, ta druhá vedla na 180 stupni zeměpisné délky a nikdo neměl ani tušení, jaké země se v této oblasti nacházejí. Je třeba připomenout, že Portugalci měli díky mnohaletým zkušenostem následkem programu prince Jindřicha Mořeplavce před Španěly veliký náskok – zejména v tom čemu bychom dnes říkali „know how“. Ovšem své objevy přísně tajili, chovali se tak trochu jako Rusové v kosmickém výzkumu, oznamovali vždy až své úspěchy. Zoufale se snažili přesvědčit papeže Alexandra, aby demarkační linii posunul víc na západ (zřejmě už věděli, kde Brazílie je a jak vypadá) ovšem papež, sám Španěl, jim nevyhověl a tak se v Jižní Americe hovoří portugalsky jen v Brazílii. Portugalci měli mnohem přesnější výpočty velikosti zeměkoule a právě proto se stavěli skepticky ke Kolumbově výpravě, věděli, že dosažení Asie západním směrem je pro lodi, které byly tehdy k dispozici, prostě nemožné. Španělé toho tolik nevěděli a jak víme, nevědomost plodí optimismus. Proto dal král Karel své – trošku zdrženlivé – požehnání výpravě Fernaa Magalhease, kterému budeme raději říkat Fernando Magellan – protože pod tímto jménem vstoupil do dějin.
To, že španělskou výpravu vedl Portugalec, mělo samozřejmě důvod a tím důvodem byla poraněná ješitnost portugalského kapitána. Magellan pocházel z nižší portugalské šlechty a od svého patnáctého roku sloužil na královském dvoře. Poté, co se upsal mořeplavbě, se několikrát vyznamenal. V roce 1505 se zúčastnil bitvy u Kannanore a byl zde i zraněn, v roce 1509 zabránil vyvraždění portugalské výpravy sultánem z Melaky. V roce 1510 zabránil povstání posádky lodi, která ztroskotala u ostrovů Lakadiv, a byl za to povýšen do hodnosti kapitána. Rychlý vzestup ale budí závist. V roce 1510 upadl Magellan do nemilosti admirála Albuquerqua, když nepodpořil jeho plán okamžitého útoku na bohatý indický přístav Goa. Admirál Magellana za to očernil u krále Manuela, a když se ctižádostivý kapitán vrátil do Portugalska, byla mu dána nevůle panovníka na vědomí. Odmítli mu zvýšit plat a byl poslán do Maroka, kde nejenže utrpěl zranění nohy s trvalými následky (až do konce života kulhal), ale byl navíc obviněn i z rozkrádání zásob. Soud ho sice zprostil obvinění, ale Magellan byl už patřičně – nebo nepatřičně – naštvaný a žádal o přijetí u krále. Audience se mu dostalo a na ní pronesl tři požadavky. První, zvýšení platu, král odmítl. Druhý, aby mu udělili takovou úlohu, v níž by mohl získat královu důvěru zpět, byl odmítnut taky. Logicky následovala tedy třetí otázka, zda si může hledat službu u jiného panovníka. Překvapený král, který s takovou drzostí nepočítal, odpověděl jen „Dělejte si, co chcete“. A Magellan ho vzal za slovo. Výsledkem byl vstup do služeb úhlavního portugalského nepřítele, Španělska.
Od roku 1492, kdy přistál Kolumbus v Americe a 1497, kdy Vasco da Gama doplul do Indie, se to na světových mořích loděmi a flotilami jen hemžilo. V roce 1513 zjistil Vasco Nunez de Balboa, že na západ od nově objeveného světadílu se nachází další obrovský oceán. Tím bylo dokázáno, co už všichni tušili, že Kolumbus neobjevil cestu do Asie, ale nový světadíl. Snaha obeplout ho severní cestou selhala. Sebastian Calbot při svém pokusu obeplout nový světadíl severním směrem, uvízl v roce 1509 v zamrzlém Hudsonově zálivu. U Grónska uvízl v ledových polích i portugalský kapitán Corte-Real, bylo zřejmé, že tudy cesta nevede. Ale jižním směrem?
Tato myšlenka nedávala ctižádostivému Magellanovi spát. Protože přání je otcem myšlenky, uvěřil jednak španělským – špatným – výpočtům, podle nichž byla zeměkoule mnohem menší a kartografovi Ruyovi Faleirovi, který byl přesvědčen, že světadíl končí na 40 stupni jižní šířky a dá se tudy obeplout. (ve skutečnosti je to 55 stupeň, čili o víc než 1000 km dál na jih). A Magellan se rozhodl vytřít nevděčným krajanům zrak. Už se vědělo, že koření, po kterém Evropa tak bažila, neroste v Indii, ale že Indie je pouhým překladištěm. Ostrovy koření – Moluky – ležely daleko dál na východ a v podstatě nikdo nevěděl, zda jsou ve španělské nebo portugalské zájmové zóně. Navíc na jednom z moluckých ostrovů žil Magellanův přítel Serrao, kterému Magellan kdysi zachránil život a který psal příteli nadšené dopisy o kráse a bohatství ostrovů koření. Magellan se tedy rozhodl tyto ostrovy získat pro španělského krále a dosáhnout jich západním směrem. V popředí ani nestála ctižádost obeplout zeměkouli, ale plavba kolem Afriky, tedy směrem východním, by byla pro španělskou flotilu smrtelně nebezpečná. Všude byly portugalské přístavy a křižovaly zde portugalské flotily a Magellan mohl být považován za velezrádce. Proto se rozhodl vyplout západním směrem. S posádkou 260 mužů, z nichž mu skoro nikdo nedůvěřoval. O tu nedůvěru se postaral portugalský konzul v Seville Sebastian Alvarez. Jednak poštval krále proti Magellanovi, jednak našeptal Magellanovi, že bude obklopen samými královskými špiony a nakonec informoval kapitány lodí flotily, jak mizerný je Magellan námořník. Horší start do expedice si lze sotva představit. Zejména, když se Magellan rozhodl plout místo obvyklou cestou přes Kanárské ostrovy okolo Afriky až k Sieře Leone a až pak zabočit na západ a dostal se do velmi špatného počasí. Podrážděný Magellan zbavil velení lodě San Antonio jejího kapitána, který měl naprosto věcné a oprávněné otázky. Ale nedůvěřivý Magellan větřil za každým odporem vzpouru. Atmosféra ve výpravě se tím činem ovšem nezlepšila.
13. prosince 1519 dopluli do zálivu Rio de Janeiro. Kde Portugalci zatím nestačili vybudovat žádnou opěrnou stanici. Po vánocích se vydali na jih. Velkým zklamáním byla zátoka Rio de la Platta, kde Magellan věřil, že našel průliv na západ a ztratil mnoho času. Magellan pokračoval navzdory protestům důstojníků, kteří se chtěli vrátit do Španělska dál na jih a koncem března se rozhodl přezimovat na 50 stupni jižní šířky, aniž by věděl, že kýžený průliv je jen 500 kilometrů jižněji. Když se španělští kapitáni dozvěděli, že mají na nehostinném pobřeží přezimovat, vypukla vzpoura. Cílem byla Magellanova vražda a návrat do Španělska. Magellan vzpouru potlačil, jednoho kapitána dal popravit a rozčtvrtit a velitele vzpoury Juana de Cartagena, královského kontrolora, dal vysadit spolu s jedním knězem na pobřeží Patagonie. Krutou zimu několik námořníků nepřežilo. Když se začaly dny zase prodlužovat, vyslal Magellan jednu loď – Santiago – na jih na průzkum. Loď ale ztroskotala asi sto kilometrů na jih od zimoviště. Zprávu přinesli dva námořníci, kteří museli těch sto kilometrů v neznámé zemi urazit pěšky. Záchranná akce spotřebovala znovu hodně času, ale pak se zmenšená flotila vydala na jih – a měla úspěch. Narazila na zátoku vedoucí přímo na západ, která měla v budoucnosti dostat jméno po svém objeviteli Magellanův průliv. Proplout průlivem nebylo ale snadné, už pro vysoký příliv dosahující výšku několika metrů a hlavně pro spoustu ostrovů a slepých ramen. Magellan nechal zkoumat kanály jednotlivými loděmi. Jedna z nich – San Antonio – to využila k útěku. Vrátila se do Španělska, aby tam admirála patřičně očernila a tím zdůvodnila svou dezerci. 28. listopadu dosáhly zbývající tři lodě oceánu, který nazvali Tichý, protože po celou dobu je tam nepotkala žádná bouře. To bylo zřejmě osudové štěstí, protože jinak byla nekonečná cesta Pacifikem téměř fatální. Magellan věřil španělským výpočtům a nedovedl si představit, že je nový oceán tak veliký. Posádka téměř umřela hladem a na kurděje, přesto že pochytali, vybili a snědli všechny lodní potkany a nakonec vařili kůže z lodní výstroje. Zemřelo dvacet námořníků. Teprve začátkem března dosáhla flotila obydlené ostrovy, dnešní Mariany a vyhladovělí námořníci se mohli konečně najíst.
Potom flotila vyrazila na západ a dosáhla Filipín. Magellan uzavřel přátelství se sultánem ostrova Cebu a za jeho slib, že se nechá pokřtít, mu slíbil vojenskou pomoc a podporu. Nato sultán nadšen z portugalských palných zbraní, vyhlásil válku sousedním ostrovu Mactan, který mu už dlouho ležel v žaludku. 27. dubna 1521 došlo k bitvě. Magellan poskytl šedesát mužů v brnění ozbrojených mušketami, meči a kopími, proti nim se ale postavilo na 1500 bojovníků, kteří se palby z mušket nezalekli. V boji muže proti muži u hořících domů domorodé vesnice byl Magellan, hendikepovaný svým kulháním zraněn nejprve na ruce, pak na noze a nakonec domorodci spolu s velkou částí svých mužů ubit. Jen malá část se zachránila útěkem.
Vládce ostrova Cebu ztratil k Evropanům jakoukoliv úctu. Považoval je v jejich výzbroji za neporazitelné. Fakt, že teď prohráli, ho přiměl k tomu, že pozval několik důstojníků na fingovanou poradu o dalším postupu a nechal je zavraždit. Vyděšený zbytek posádky pak ostrov urychleně opustil. Z 260 mužů, kteří vypluli ze Španělska, jich zůstávalo už jen 115, příliš málo na ovládání tří lodí. Proto jednu z nich – Concepción – zapálili. Zbývající dvě pak dosáhly začátkem listopadu ostrovy koření Ternate a Tidor – Moluky. Konečně si mohli námořníci odpočinout a naplnit lodě drahocenným kořením. Jenže ukázalo se, že Trinidad není schopná plavby a opravy budou trvat celé měsíce. Proto se dohodli, že Victoria popluje sama a Trinidad ji bude po příslušných opravách následovat. Velení na Victorii převzal Španěl Juan Sebastian del Cano. Neměl ani nejmenší chuť plavit se zpět přes Tichý oceán, jak zněl původní plán, na další přezimování v Patagonii pak už ani tu nejmenší (Trinidad to později zkusila, ale neúspěšně a vrátila se zpět) a vydal se tedy domů směrem na západ. Křížem přes Indický oceán a pak kolem Afriky. Samozřejmě se musel úzkostlivě vyhýbat portugalským přístavům a lodím, a proto nemohl ani doplňovat zásoby potravin a vody. Muži umírali jeden za druhým na podvýživu a kurděje, v květnu jim u Mysu dobré naděje bouře zlomila stěžeň, začátkem července 1522 dosáhli Kapverdské ostrovy. Ty byly samozřejmě portugalské, ale pokud se del Cano chtěl vyhnout smrti hladem, musel zde přistát. Podařilo se mu přelstít místní Portugalce pohádkou o tom, že jsou zbytky neúspěšné španělské expedice, vracející od břehů jižní Ameriky. Portugalci netušili, že ten hlouček chudáků na jedné zubožené lodi je zbytek flotily, jejímuž úspěchu chtěl jejich král Manuel za každou cenu zabránit.
6. září 1522, tedy bezmála po třech letech, dorazilo do přístavu Sanlúcar de Barrameda 19 námořníků, (tedy méně než deset procent z těch, kteří na výpravu vyplouvali), kteří přežili útrapy prvního obeplutí světa. Což vlastně vůbec nebylo cílem výpravy.
To byl zřejmě i jediný význam Magellanova podniku. Když v roce 1519 Magellan vyplouval, zdálo se vlastnictví karibských ostrovů Španělskem nedůležitým faktem s porovnáním možnosti cesty na ostrovy koření v Asii. Než se Victoria vrátila, Cortes dobyl říši Aztéků a do Španělska začalo proudit americké zlato. Španělé tedy oblast Indonézie přenechali Portugalcům – jak se ukázalo, Moluky stejně ležely v portugalské zájmové zóně. Západní cesta se tedy nepoužívala, podruhé takto obeplul zeměkouli až v roce 1577 anglický korzár Drake a to jen proto, že na něho u celého pobřeží Ameriky čekaly španělské flotily lačné jeho krve. Ten ostatně neplul Magellanovým průlivem, ale bouře ho zahnala dál na jih a obeplul tedy Ohňovou zemi okolo mysu Horn – úžina mezi Ohňovou zemí a Antarktidou nese tedy jeho jméno.
Magellan se uznání nedočkal ani posmrtně. Loď San Antonio doplula do Španělska už dávno před Victorií a její posádka samozřejmě nezapomněla Magellana patřičně pomluvit, aby tím zdůvodnila svou dezerci. Del Cano, který kdysi taky patřil k povstalcům, jim neprotiřečil, ostatně takto sám sklidil slávu za dokončení cesty. Svou roli samozřejmě hrála i skutečnost, že Magellan byl Portugalec. Trvalo ještě dlouho, než se jméno tohoto kapitána začalo v dějinách psát velkým písmem a než průliv, který objevil, dostal jeho jméno. A na velkém památníku mořeplavby v Lisabonu je za princem Jindřichem Mořeplavcem na pátém místě. Tedy nakonec ho ocenila i jeho vlast, která se k němu chovala za jeho života tak přezíravě.
Jeho plavba byla definitivním důkazem už dávno akceptované skutečnosti o kulatosti země a navíc připravila překvapení, které si tehdy lidé nedokázali vysvětlit. Podle pedantně psaného lodního deníku –(jednou z hlavních povinností kapitána bylo bez ohledu na okolnosti denně učinit v lodním deníku zápis) připlula Victoria do Sevilly 6. září. Jenže ve Španělsku byl 7. září. Tento fakt se vysvětlil až později a je dána otáčením Země. Když se totiž loď vydá na západ, získává na každém poledníku 4 minuty, což dělá nakonec jeden den. Při plavbě na východ by naopak jeden den ztratila.